其余约三万调往在河套地区改为皇家屯垦军团；余下两万人编成辎重军修建大同到集宁，榆林到鄂尔多斯到到九原的道路，回应了对归化总督区个蒙古部（现在是蒙古各卫）承诺。

    蓟辽总督区整编下来的约三万人调往朵颜卫故地方改编辽西屯垦军团，余下两万人改编为辎重军，修建锦州到营州（现辽宁朝阳市）到赤峰（明大宁辖区）及密云、遵化到承德到赤峰到通辽的道路。

    大明皇家陆军暂时编为三个军，即：镇西军、镇北军、镇东军；十二步兵镇、九个步兵镇，总人数三十一万两千人，其中：步兵十七万八千人，骑兵十三万四千人。

    镇西军：军长徐应元，副军长候世禄、黄得功，军长驻地兰州；

    下辖皇家陆军第二镇（甘肃镇）、第四镇（宁夏镇）、第六镇（固原、临洮镇，改驻西安），皇家陆军骑兵第一镇（禁军骑兵一镇），骑兵第三镇（附和浩特镇），骑兵第五镇（九原镇），骑兵第七镇（鄂尔多斯镇）等三镇步兵三万六千人，四镇骑兵四万八千人，合计八万四千人。

    镇北军：军长杨国柱，副军长马世龙、何可纲，军驻地宁远，除陆军第一镇调大宁，第四镇调营州（朝阳市），其它驻地不变；

    原宁远镇步兵与盖州镇整编改为四个镇，杨国柱兼第三镇总兵原总兵吴襄、调盖州镇旅长黄龙、担任其余两镇总兵，骑兵也改为两个镇，总兵分别为祖大寿、何可纲；

    下辖：皇家陆军第一镇（蓟州镇）、第三镇（宁远镇杨国柱部）、第五镇（宁远镇吴襄部）、第七镇（宁远镇黄龙部）、第九镇（盖洲镇马世龙部）、第十一镇（山海镇），皇家陆军骑兵第二镇（宣大镇骑兵）、皇家骑兵第四镇（宁远镇祖大寿部）、皇家骑兵第六镇（宁元镇何可纲部）、皇家骑兵第八镇（蒙古归附通辽镇）、骑兵第十镇（蒙古归附长春镇）等五镇步兵七万两千人、五镇骑兵五万八千人，合计共十三万人。

    镇东军,军长曹文诏、副军长孙祖寿、满桂，军长驻地南京，其它未变；

    下辖皇家陆军第八镇(禁军第三镇)、第十镇（禁军第二镇）、第十二镇(禁军第六镇)、第十三镇（禁军第七镇）、第十四镇（禁军第八镇）及皇家骑兵第九镇（大同镇镇骑兵）等五镇步军八万人，一镇骑兵一万八人，合计共九万八千人。

    皇家近卫军调整最大，那边各军全部划归皇家陆军，各镇主官调整也大，第一、三、四镇原总兵调走后，从下面各旅长提升姚忠明、孙华宝、许文畅（杜撰的）担任新的总兵。

    最后整编为四镇步兵六万四千人、一镇骑兵兵四万人，合计十万四千人。

    负责北京周边安全；军长梁世勋，荣誉军长朱由检，副军长周遇吉、毛文龙，军驻地北京；

    下辖近卫第一镇（禁军第一镇）、近卫第二镇（禁军第四镇）、近卫第三镇（禁军第五镇），近卫第四镇（昌平、宣府镇步兵），禁军骑兵第一镇（禁军骑兵二镇），骑兵第二镇（集宁镇）。

    这次更改军制三大总督区总共裁减十二万人，大大降低了军费负担。

    同时三大总督区撤销，孙承宗任直隶总督辖辽东、直隶、山西等两省一边，成为第一督臣；孙传庭任江南总督，辖安徽、南直隶和浙江等三省，为第二督臣；洪承畴任陕甘总督，辖陕西和甘肃。

    皇家卫队是名称改变，各卫都改编成甲等卫。

    五军都督府的改革也落地，从皇家陆军、皇家近卫军、皇家卫队、东厂、锦衣卫、内宫各监及皇商抽调人员配合原有的合适组成了新的五军都督府，办公点从武英殿改到养心殿。

    朱由检掌管大都督府，亲任大都督，大都督府成员有英国公张维贤、保定公梁世勋、内阁首辅李标、次辅李邦国、参谋本部督查卢象升。

    下辖四部一处：参谋本部（督查卢象升）、军法本部（督查文震明）、辎重本部（督查陈治宁（王府白户））、装备本部（督查孙元化）。

    秘书处，主要处理下面四个本部上报奏本，处长由王承恩担任。

    朱由检终于打造了明朝版本军事委员会和总参谋部，大都督府是军事委员会，下辖四部就是总参谋部。

    大都督府如同内阁需定期举行军政会议，内阁首辅、次辅及兵部需参加，其余各部视情况需要才会参加会议，到京述职的各军军长及总督均要参与会议。

    随着五军都督府搬迁，内阁也将办公点从文华殿移到乾清宫左侧与奉先殿之间的德政殿，德政殿是由斋宫和周围部分建筑拆除和改建而成。

    漕运总督府划归辎重本部管辖，运河沿线负责漕运的卫所兵被分成三块，熟悉水手业务的被抽调到北洋水师，一部分部分组建了内河水师负责运河漕运与长江水道安全，还有部分和山东、直隶、浙江的部分卫所兵被整编税丁调归户部管辖，剩下的老弱被送去个皇庄的集体农场安置。

    各省设有五军都指挥司负责管辖本省巡防营，人数五千到两万不等，合计二十万人左右。

    五军都指挥司主要职责是负责本省制安